【武装侦探社】
2010年成立于大战后的组织，从平民的视角看横滨和世界的苦难，成员都有各自的过往，作为家人相互扶持，乐于干涉对方私生活，与横滨所有机构都有密切往来，是横滨除港口黑手党之外最强大的情报中心，在港口黑手党覆灭后接替了全部黑色业务和监督工作。
〈江户川乱步〉
侦探社核心成员，生长速度极慢的年轻人，拥有罕见的日耳曼血统，眼睛翠绿色，担心暴露稀少的瞳色，长时间眯起眼睛。
疑心自己的血统与威尼斯计划的人体实验有关，暗中调查多年，下定决心对天人五衰组织发动情报战争。因横滨出现异动，派出太宰卧底天人五衰。
一开始对太宰颇有好感，抱有目的性地接近爱伦坡，打算拿走埃德加家族中隐藏的威尼斯计划的资料，后被爱伦坡的坚定和坦诚打动，决定同进共退。
私心是为调查自己的出身，致力于接手天人五衰对威尼斯计划的所有情报。
曾有深爱着自己的父母双亲，在大战中牺牲了自己也要救下乱步。
不止一次感叹和自己年纪相仿的绫辻行人过于成熟懂事，在武装侦探社成立之初曾经和绫辻侦探社隔着一条街，两个名侦探清晨经常隔着窗子拌嘴。
称呼绫辻为“资产阶级侦探”，称呼太宰为“双璧参谋官”，非常执着于和太宰的称呼，觉得双璧都特别帅。
〈国木田独步〉
侦探社正义感十足的下任社长，经多方调查与威尼斯计划毫无关联，被侦探社核心保护极好，拥有风雨不动的正直人格。
喜欢的女孩子类型是：知书达礼温文尔雅、长相可以普通但是必须有自己独立追求的事业和梦想、心地善良有为了他人而努力的心、穿着打扮朴素整洁、妆容清淡得体即可、花钱必须有度不可以透支信用卡、要有自己独立的账本、每次出门都要报备、回家不能晚于零点、遇事哭闹过后会冷静下来好好商议、绝对相信自己的感情。
内心对于有太宰敬重和期待，一直像一对小学生兄弟一样打打闹闹。国木田希望能永远这样下去，太宰做他余生的玩伴，保留二十岁的自己心里最后的天真，明知道太宰的心意始终不敢点破，担心无法继续做好友。
但是无法走出去，爱情只能渐行渐远，为了太宰把自己推给他人的行为始终愤怒，但无能为力。
〈太宰治〉
威尼斯计划最大受害者，埃德加家族私生子爱伦坡的克隆体。
六岁之前的记忆完全消失，在哥哥的疼爱和愧疚中长大，得知真相后想要为哥哥分忧铲除威尼斯组织。但是任务失败，被整个世界的变化推着向前，用器官救下濒临死亡想要毁灭世界的费奥多尔。
幼年曾是梦野久作的挚友，最后失去记忆分道扬镳。
当年性命垂危被织田作搭救，执念太深反而害死对方，为拯救横滨，拥有和菲茨杰拉德谈判的条件，作为实验体吸入全部病毒。
年少被中也告白，多年来一直记得对方拼命保护横滨的姿态，替他完成未完之事。
在对费奥多尔的本能渴望和独立人格之间反复纠缠，最想和费奥多尔在有很多玩偶的房间睡觉。
〈中岛敦〉
威尼斯组织中的基因改造计划实验体，拥有强大恢复能力，憎恨着抛弃自己的孤儿院院长，实际上被对方拯救成为唯一的幸存者，畏惧孤独，又孑然一身。
是太宰在特工技巧方面的学生，天赋尚可，西点军校的大部分特工技巧都学不会，但是保护他人的心比任何人都要强大。
希望守护泉镜花的笑脸，守护露西的梦境，一直在攒钱给镜花买新的书桌，给露西买漂亮的公主裙，一直不曾对两个女孩子动心。
苦恼于镜花和贤治不好好上学不写作业，作为监护人每天都要痛哭。
自作主张把自己可以快速恢复身体的血液注射给太宰，导致太宰饱受折磨，但也拥有了快速愈合能力。
〈与谢野晶子〉
世间无人能出其右的天才医生，拥有自己解释不清的超前医学知识，会不自觉的说出威尼斯组织才有的技术。
潜意识里知道自己有一个哥哥，但似乎把乱步错认成了自己的兄长和至爱，尊重乱步的想法。
渴望和平，但不畏惧战争，喜欢不矫情的女孩子，认为侦探社的大家都是家人。
〈福泽谕吉〉
见证过无数次战争，被强迫留下来的侦探社社长，森鸥外的生死搭档，曾告白但是对方没有在意，抚养过年幼的绫辻行人，和京极关系匪浅，多年前是伏龙芝军事学院高材生。
被森鸥外拜托照顾好太宰和镜花，一直作为家长温柔以待，不支持孩子们向威尼斯计划发动进攻，默默培养了与此无关的国木田作为接班人。
明白了暗自守护比冲锋陷阵更加痛苦。
【天人五衰】
贯穿俄罗斯整个历史的黑手党组织，历代核心成员分工明确血统纯正，拥有不能见光的过去，维持俄罗斯的黑色力量，手段一流且毫不留情，从军火到交通，从西欧到南美洲都有其合作往来。其首领行踪不定，是距离威尼斯计划最近的组织。
〈费奥多尔.D〉
天人五衰组织二把手，死屋之鼠第一位首领，威尼斯计划的受害人和既得利益者，不明原因的被疼痛折磨，后被威尼斯组织移植器官送去天人五衰。
行事风格残忍血腥，可以毫不在意地进行屠杀，但是内心温柔慈悲，一直为世人祈祷。
幼年和太宰约定重组世界，因为威尼斯组织药物遗忘了太宰，多年来成为执念，在太宰的身边可以屏蔽痛苦。
希望太宰可以失去一切留在自己身边，看轻生死，渴望人们真正的幸福，而不是被虚假的和平蒙蔽。
智力远高于普通人，为人天真无邪又有异于常人的三观，心性高洁，唯一的私心只有太宰。
〈果戈里〉
死魂灵组织首领，天人五衰组织第三把交椅，知晓威尼斯组织的计划，也知道天人五衰最大的黑暗，一心想要脱离，不再做违心之事，却一次次被命运戏弄，被费奥多尔牵制玩弄于鼓掌中，曾背叛组织逃脱而被费奥多尔抓回天人五衰，失去二把手位置，忍辱负重工作。
在荒诞无助的世界中唯独对西格玛付出全部的温柔，自由和梦境是他唯一的救赎。
死魂灵的手下渗透在所有国家的公务员体系，苍之王事件的策划人。果戈里为教育抚养西格玛付出全部精力，从这个孩子的身上果戈里看到了光。
〈西格玛〉
外表是精致美好的少年，从培养室走出第三年的天真无知孩童，非常信任依赖果戈里，认为费奥多尔是个不靠谱的哥哥。
战斗天赋能力超一流，世界第一狙击手，天人五衰突击队队长，喜欢甜食和果戈里，认定的事从不会放手。
害怕果戈里打他，从不敢和果戈里一起睡。西格玛被礼仪老师教导过很久，一举一动都比所有贵族还要优雅，就连去厨房偷饼干都有贵公子的气质。
〈神威〉
平时从不露面的天人五衰首领，和威尼斯组织有交情，即使是费奥多尔也不知道他的真实身份，多年来致力于扩张势力，崇尚力量。
喜爱战争，完全无法回归到平静的生活，一直对果戈里心有亏欠，不曾真正伤害他，曾对人性失望，但又羡慕乱步和福泽谕吉之间的信任。
沙俄时代的贵族，血统极其纯正，曾称呼绫辻行人为自己可爱的孩子，表达过对行人被福泽谕吉抱走一事非常不满。
【组合组织】
美国最大的黑手党组织，首领管控严格等级分明，表面是按照资本排名，实际上内部人员之间关系匪浅，被成员认为是外表冰冷内心火热的资本家园。
〈菲茨杰拉德〉
为拯救妻子不择手段的组合首领，在得到西欧方面的消息，认定白鲸实验室可以用病毒实验拯救妻子。
锁定公职机关漏洞百出的横滨作为试验地，因为牺牲平民和挟持横滨内心饱受煎熬，不惜雇佣贫苦人员作为临时工，对其暗地里提供帮助，深受爱戴。
内心温柔火热，本质上不喜欢金钱带来的附属品，只喜欢幸福。
〈爱伦坡〉
威尼斯计划的受害人，极端疼爱作为自己克隆体的太宰，但在国家利益和大局观面前，认为太宰作为自己家人是可以选择牺牲的。
幼年曾饱受痛苦，利用太宰对自己的敬重培养其作为自己的接班人，不想太宰直接深入威尼斯组织，发誓一定要保护唯一的弟弟。
血统成谜，拥有一双异常美丽的紫色眼睛，担心被发现而用刘海遮挡，克隆体的太宰反而没有这样美丽的眼睛。
严重社恐，生气太宰不和自己撒娇，生气乱步不和自己提要求，害怕聚会过生日，伏龙芝军事学院高材生，特殊人才级别特工，作为家族继承人之一暗中培养。
现在是埃德加家族唯一继承人。
没有忘记当年幼小的太宰发誓保护哥哥的样子，亲兄弟阴差阳错渐行渐远。
〈约翰斯坦贝克〉
底层成员，家境贫寒，在组合组织寻找到生活的意义。约翰得知菲茨杰拉德暗中资助家人并未点破，威尼斯组织想要拉拢的突破口，正在努力整合组合组织，期待有朝一日组合组织恢复曾经的光荣。
被人称呼为“小葡萄”，乐观开朗，对生活仍有期待。
〈马克吐温〉
组合组织的元老级人物，射击高手，出于礼貌帮助菲茨杰拉德，实际上消极怠工，认为现在的组合组织不适合自己。
【白鲸实验室】
以各种病毒药物实验作为研究课题的神秘组织，最初目的只是好奇先进的科学，后被有心人利用成为人体实验组织，受多方牵制酿成一系列惨剧，其首领用新闻方式发出求助，被绫辻行人截获，转发给可能利用白鲸实验室的组织，引起世界黑手党的动荡和观望。
曾制造出大量病毒，导致泄露，酿成镜花父母死亡的惨剧，也是导致梦野久作等实验体多年来长不大的罪魁祸首。
【西点军校】
〈绫辻行人〉
日耳曼血统的天才，生长速度缓慢，年近三十依旧看起来像十七岁高中生。身材高挑纤细，举止优雅仪态风度翩翩，拥有一双美丽的森林色眼睛，防止被发现一直用橙色墨镜遮住。
某次血统清洗事件的幸存者，对自己的生存抱有愧疚。外表冷硬，实则上心软爱哭，为了牵制特务课，保护京极和横滨而坚强独立，见崎鸣和太宰的老师，乱步和爱伦坡的至交好友。
住在横滨的时候经常和乱步拌嘴，外人看起来不过是高中生吵架，只有熟悉的人才知道这二位年纪已经可以成家立业。
疑似为神威最喜欢的孩子，希望和京极夏彦长久的相互纠缠，为了延长京极的寿命和特务课做交易。
一生孤独，深受无数人爱戴，其美好和风度已成为传说。
布娃娃终极爱好者，各种各样的娃娃堆满了仓库和卧室，担心布娃娃见光黄化，在家窗帘禁闭不见阳光，绫辻行人因此皮肤白皙到令人惊叹。
〈见崎鸣〉
上海姑娘，威尼斯计划的意外受害人，父母为揭发奶粉坑害幼儿而意外死亡，自己被诱拐进山中饱受折磨，深爱绫辻行人又了解恩师的心软，从未告白，为报恩用一生换取行人自由。
深得绫辻行人信任，真心渴望好女孩可以成为绫辻行人的新娘。
克隆体藤冈未咲是绫辻行人和威尼斯计划接触得到，见崎鸣并未点破恩师想哄自己开心的想法。
〈藤冈未咲〉
见崎鸣克隆体，深知自己命不久矣，并未和任何人产生羁绊，主动请缨为横滨和姐姐牺牲成为感染病毒的实验体，暗恋爱伦坡但无人知晓。
未咲死后，实验体任务由太宰接手。
【Mimic】
西欧遭受背叛的军人们组成的组织，核心成员相互扶持，战斗力极强，至今没有稳定的大本营，双核心是安德烈纪德和织田作之助，和天人五衰组织达成协议，相互帮助。
有一个流落在外的失忆成员兰波至今消息全无，安德烈依旧在寻找。
认定私仇为魏尔伦和太宰。
【公职机关特务课】
横滨政府机关的代言人，由多个部门构成，是横滨最大的间谍组织，培养出无数优秀间谍，以横滨整体发展作为第一利益，不惜一切代价毁灭拖后腿的部分，曾放任无数个贫苦民众受害的黑色事件，借此保护大多数。
〈坂口安吾〉
间谍组织二把手，机密档案持有者，为人正直善良，会对力所能及的事当仁不让，尽可能争取好的结局，固执到不听别人说话。
也是太宰最好的朋友，泉镜花一家的恩人，坚持认为太宰对自己的怨恨是闹小孩子脾气，长大了自然会懂，以横滨的安定作为第一利益，第二利益才是私生活和太宰，重情重义。
曾经用中也来提醒太宰，他不是一个人活着，一定要珍惜生命，成为对方的心理压力。
〈辻村深月〉
爱慕绫辻行人的女特工，在得知京极夏彦的故事之后心痛不已，憎恨杀死行人的京极，得知杀人任务是公职机关高层的命令，绝望以后再次站起来。
其母辻村局长也叫辻村深月，为害死绫辻行人的真凶。
【威尼斯组织】
一个庞大的人体实验计划，继承者代号为26个字母，渗透在世界上每一个角落，初代实验体为菲茨杰拉德的妻子，失去免疫力而死亡，末代最佳实验体为费奥多尔－D，正在进行血统清洗的勾当。
从十五世纪开始，技术和记忆由历代继承人传承，这一代记忆吸取计划执行人魏尔伦。
某次血统清洗后，幸存者仅为乱步和绫辻行人，组织认定乱步和绫辻行人才是血统最纯正的人类，将要大量进行人体实验。
复制太宰作为爱伦坡的克隆体和器官移植库，利用不合格奶粉筛选带有某种基因的幼儿，将特殊基因注射进胚胎中，残酷无情的手伸向世界的每一个角落……
绫辻行人死后，江户川乱步带领的反击联盟正式对威尼斯计划宣战。