刘裕东归后，任檀道济为征虏将军、琅琊内史。及刘裕建宋，檀道济以佐命之功，改任丹阳尹、护军将军。
永初三年{422年｝，檀道济又奉命出为镇北将军、南兖州刺史，镇守广陵{今江苏扬州｝，监淮南诸军。武帝死，少帝即位，檀道济与徐羡之、傅亮、谢晦四人同为顾命大臣。
北魏以宋值新丧，大举南进，共出数路，攻略宋地。司州全部及青州、兖州、豫州大部分地区，很快就被魏军夺占。
檀道济闻警，率军救援。军至彭城，司、青二州并告危急。檀道济领兵不多，不足分赴，而青州道近，守军薄弱，便统兵兼程往救。
魏军见宋援军将至，撤去青州治所东阳{今山东费县西南｝之围。
檀道济兵至东阳，军粮耗尽，只得停止追击，又见东阳城已残敝不堪，移青州治所于不其城{今山东即墨西南｝，而后回军湘陆{今山东鱼台东南｝，阻止了魏军南进的势头。
次年，因少帝游戏无度，荒怠朝政，徐羡之等密谋废立，召回檀道济共谋其事。
当睌，檀道济与谢晦同宿领军府。谢晦心怀恐惧，辗转难寐，而檀道济触床即鼾声如雷。为此，谢晦深深佩服檀道济的镇静和胆量。
次日，几位顾命大臣入殿，矫诏太后令，废少帝，迎刘义隆入承大统。
文帝继位之初，朝中大权仍掌握在徐羡之、傅亮等人的手中。
元嘉三年{426年｝，文帝下令追查弑立之事。徐羡之畏罪自缢，傅亮被缚诛杀。当时，谢晦已出镇荆州，闻徐、傅已死，知道文帝秋后算帐，便拥三万精兵抗拒朝命。
文帝从广陵召回檀道济，对他说：“废立之事，你未参与谋划，我不加追究。现在谢晦据荆州之地，抗表犯上，威胁建康，不知你有何良策？”
檀道济说：“谢晦老练干达，富有谋略，我过去与他同从武帝北征，入关十策，有九策出于谢晦胸中。但他未曾率军决胜于疆场，戎事非其所长。若陛下信任，可让我衔命征讨，可一战擒之。”文帝大喜，遂亲统大军数万，以檀道济为先锋，溯江西上，击溃谢晦。
因此平乱之功，檀道济进号征南大将军，任江州刺史。
元嘉七年{430年｝，为解除北魏对宋的威胁，文帝命檀道济统军北伐。
宋军前部到彦之进军河南，收复洛阳、虎牢等地。但很快，北魏太武帝亲自率军反击，击溃了到彦之等部。刘宋的前线部队一片混乱，很多地方纷纷失守，退驻滑台。
翌年一月，檀道济率师往救滑台，军至寿张{今山东东平西南｝，遇魏安平公乙旃眷。
檀道济领军奋勇前行，大破魏军，并乘胜北进。前后二十余日，连战三十余次，宋军多捷，进抵历城{今山东济南｝。魏将叔孙建一面督军正面迎击，一面纵轻骑绕出其后，焚烧粮草。
檀道济的将士虽然英勇善战，但是不料被釜底抽薪，断了军粮，就没法维持下去，准备从历城退兵。宋军中有一些兵士逃到魏营投降，把宋军缺粮的情况，告诉了北魏的将领。
北魏就派出大军追赶檀道济，想把宋军围困起来。宋军将士看到大批魏军围上来，都有点害怕，有的兵士偷偷逃跑了。偏偏檀道济不慌不忙，命令将士就地扎营休息。
当天晚上，宋军的军营里灯火通明。檀道济亲自带领一批管粮的兵士，在一个营寨里查点粮食。一些兵士手里拿着竹筹唱着计数，另一些兵士用斗子在量米。
其实，檀道济在营里量的，并不是白米，而是一斗斗的沙土，只是在沙土上覆盖着少量白米罢了。有人偷偷地向营里望了一下，只见一只只米袋里面都是雪白的大米。
这个消息马上被魏兵的探子听到了，赶快去告诉魏将，说檀道济营里军粮还绰绰有余，要想跟檀道济决战，准是又打败仗。
魏将得到情报，以为前面来告密的宋兵是假投降，来诱骗他们上当的，就把投降的宋兵杀了。
到了天色发白，檀道济命令将士戴盔披甲，自己穿着便服，乘着一辆马车，大模大样地沿着大路向南转移。魏将安颉等人被檀道济打败过多次，本来对宋军有点害怕，再看到宋军从容不迫地撤退，吃不准他们在哪儿埋伏了多少人马，不敢追赶。
檀道济靠他的镇静和智谋，保全了宋军，使宋军安全地回师。
第四卷：纵横天界（完结篇）第五百八十六章 落神坊
此次北伐，檀道济虽然没有克定河南，但在四面遇敌、军粮已断的危急情况下，镇定自若，全军而返，实属不易。自此之后，魏人忌惮檀道济的威名，不再轻易南犯。
文帝嘉其智勇，进位司空，镇守寻阳。
檀道济立功数朝，威名日重，左右心腹都是百战之将，他的几个儿子又多具才气，引起了朝廷的猜忌。
当时，文帝久病不愈，执掌朝政的彭城王刘义康及领军将军刘湛，担心文帝晏驾后，难以钳制檀道济，便向文帝屡进谗言，劝其尽早除掉檀道济，以绝后患。
元嘉十三年{436年｝，檀道济奉诏回京。
临行前，其妻向氏说：“震世功名，必遭人忌，古来如此。朝廷今无事相召，恐有大祸。”
檀道济却说：“我率师扺御外寇，镇守边境，不负国家，国家又何故负我心？”便坦然入京。
适逢文帝病情好转，卧榻召见。文帝慰勉鼓励，让他返阙议事，用心边防。不料檀道济刚要启程，文帝病情加剧。
刘湛劝刘义康不可放虎归山，随即假托王命，以收买人心、图谋不就之名，逮捕檀道济，旋加杀害。同时被杀害的，还有檀道济的十一个儿子及薛彤、高进之等大将。
临刑前，檀道济投帻于地，愤怒地喊道：“你们这是在自毁长城啊！”